Conta a história que aquando das invasões francesas, estes gálios invasores saqueavam tudo quanto encontravam. As igrejas e outros monumentos históricos eram os locais preferidos pois, albergavam, não poucas vezes, obras de arte de valor incalculável.
Conta a história destes tempos heróicos que, numa destas incursões, um batalhão de soldados de Napoleão ocupou Santarém, onde saquearam e vandalizaram casas e igrejas; delas fizeram caserna e camarata e até estábulo para os animais. Ali aguentaram meses, à espera de ordem para a continuação da marcha que os deveria levar vitoriosos até Lisboa.
Conta a lenda que a soldadesca se entretinha, entretanto, a saquear as igrejas e casas de várias léguas em redor, não se aventurando, contudo, a galgar a Serra de Almeirim.
Porém, na primavera de 1811 tiveram ordem de retirada para o Alentejo e então, apesar dos trabalhos das tropas portuguesas e inglesas para que estes não passassem o Tejo, diz a lenda que uma horda de gauleses passou pelo Paço dos Negros da Ribeira de Muge onde saquearam tudo quanto encontraram.
Conta-se que os frades, juntamente com os moradores e demais gentes que no Paço vinham ouvir a missa e fazer a desobriga pascal, sabendo do que se passava noutras terras, de noite, em carros de bois, aos quais tiravam os chocalhos, iam enterrar bens e géneros. Em segredo, entaiparam algumas imagens de santos e objectos de maior valor, em nichos cavados nas paredes da capela. Conta-se que é esta a razão porque se não conhece nenhuma imagem da real Capela de Nossa Senhora da Graça, nem de S. João Baptista, patrono da Ermida de Paço dos Negros.
Como às invasões se sucedeu um período de miséria, guerras civis, expulsões de frades, extinções de conventos, abandonos e fugas, perdeu-se-lhe o sítio exacto, e conta-se que ainda hoje se encontram estes objectos escondidos nas paredes da capela.
Aspecto que terá a capela de S. João Baptista, depois de ser objecto de recuperação: levar um telhado que não permita que a chuva lhe caia dentro, umas demãos de cal nas paredes, uma porta condigna com o monumento que é, arranjos no pátio, etc.
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